Nel Medioevo, in Liguria, si diffuse una salsa a base di aglio chiamata "aggiadda" (agliata), utilizzata per conservare cibi cotti e insaporire pietanze.  Era una salsa semplice, forte, adatta ai lunghi viaggi per mare. L'introduzione del basilico, l'ingrediente principe del pesto moderno, avvenne più tardi. 
Questa pianta originaria dell'India, arrivò in Europa e trovò in Liguria un ambiente consono per crescere rigoglioso e profumatissimo, in particolare nella zona di Prà, nei pressi di Genova. La ricetta del Pesto alla Genovese - come la conosciamo oggi- iniziò a delinearsi tra il XVIII e il XIX secolo. 
La prima codifica "ufficiale" si fa risalire al ricettario "La Cuciniera Genovese" di Gio Batta Ratto, pubblicato nel 1863.  Qui compare la ricetta che include tutti gli ingredienti fondamentali: basilico, aglio, pinoli, formaggio grana (Parmigiano o grana ligure), formaggio sardo (pecorino), olio extravergine d'oliva e sale grosso, tutti rigorosamente pestati nel mortaio. 
L'uso del mortaio di marmo e del pestello di legno non è solo una tradizione folcloristica, ma una tecnica precisa: il movimento rotatorio del pestello schiaccia le foglie di basilico senza tranciarle (come farebbero le lame di un frullatore), evitando così l'ossidazione e mantenendo intatto il loro profumo e il colore verde brillante. 
Anche la qualità degli altri ingredienti è fondamentale, dall'olio ligure delicato al basilico genovese DOP. 
Il Pesto alla Genovese si è diffuso dalla Liguria al resto d'Italia e poi nel mondo, diventando uno dei condimenti italiani più rappresentativi e apprezzati.